杀菌，是饮料生产线加工中的一个重要环节。饮料的灭菌与医学和生物学之间有一定的区别。饮料杀菌有两方面的含义：一是要求杀死病原菌和腐败菌污染的饮料，食品酶破坏喝在特定的环境中，如密封的瓶、罐或其他容器，一定贮存期;二是要求在灭菌过程中要尽可能的保护营养和风味饮料。因此，杀菌后的饮料是一个商业无菌。
有两种方法：物理灭菌和化学杀菌。化学杀菌的方法是使用过氧化氢、环氧乙烷、次氯酸钠消毒剂。由于化学残留的影响，目前的食品杀菌方法往往对物理杀菌。物理灭菌法分为热杀菌和冷杀菌。热杀菌方法分为热灭菌法、干热灭菌法、微波灭菌法、远红外加热灭菌方法。冷杀菌分为紫外线辐射灭菌、电离辐射灭菌和杀菌消毒。在湿热灭菌法中，有杀菌、高温短时杀菌和超高温瞬时杀菌的方法。所谓灭菌(杀菌)是一种低温长时间杀菌，杀菌温度低于100摄氏度，保温时间为30min。高温短时间杀菌(HTST)，灭菌温度一般为100度左右，如85摄氏度的高温短时灭菌奶的温度，保持15s以上。超高温瞬时灭菌(UHT)，杀菌温度在摄氏120度以上，只有几秒钟。HTST和UHT灭菌方法，不仅效率高，而且食品保存营养和风味的结构和外观均优于其他方法消毒。根据上述方法和相应的发展相应的类型的饮料杀菌设备更多，以待处理的材料的形态分类是以下三：
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