不锈钢搅拌罐的基本的结构单元包括罐体、机械搅拌系统、通气系统、温度控制系统、消泡系统、pH控制系统、取样口、排空口、清洁和灭菌系统等。
另外，大型反应器一般还需要安装视镜、人孔等部件。反应器设计的基本目的就是综合考虑这些系统之间的相互关系，以充分发挥上述系统的效率。
实验室小型通气搅拌罐的罐体一般由耐热玻璃或不锈钢制成。虽然普通碳钢曾是大型通气搅拌罐罐体的常用材料，现在绝大多数大型通气搅拌罐罐体都采用不锈钢制造。这样可以尽量减轻腐蚀，并减少由此带来的不必要的金属离子对发酵液的污染。
总体而言，通气搅拌罐的设计、安装过程中应该充分注意避免死角、裂缝等可能在局部位置上妨碍流体混合的瑕疵，以免造成灭菌不彻底或发酵过程中形成微生物膜。避免染菌污染也是通气搅拌罐的各个系统设计时都应该注意的共性问题。
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