不锈钢发酵罐可配置不同性能的控制器。控制器能完成最基本的功能，参数输入及显示装置，用以输入控制发酵条件的各种参数及显示发酵过程中罐内培养液的温度，溶氧的测定数值。
不锈钢发酵罐电极校正装置用以校正pH电极和DO电极等，酸、碱泵用以向发酵罐加入酸液或碱液以调节培养液中的pH，消泡剂加入泵用以向发酵罐加入消泡剂，以消除发酵过程中产生过多的泡沫。不锈钢发酵罐报警灯及蜂音器按钮，当发酵过程中，电路上发生故障，如显示屏上显示温度或DO为闪动，即超出本机的测定值，则报警红灯亮并发出“嘀、嘀……”声。
清洗不锈钢发酵罐时，请用软毛刷进行刷洗，不要用硬器刮擦，以免损伤发酵罐表面配套仪表应每年校验一次，以确保正常使用，电器、仪表、传感器等电气设备严禁直接与水、汽接触，防止受潮。不锈钢发酵罐停止使用时，应及时清洗干净，排尽发酵罐及各管道中的余水；松开发酵罐罐盖及手孔螺丝，防止密封圈产生永久变形，操作平台、恒温水箱等碳钢设备应定期(一年一次)刷油漆，防止锈蚀。
如果不锈钢发酵罐暂时不用，则需对发酵罐进行空消，并排尽罐内及各管道内的余水，在空消及实消时，一定要排尽发酵罐夹套内的余水，否则可能会导致不锈钢发酵罐内筒体压扁，造成设备损坏；在实消时，还会造成冷凝水过多导致培养液被稀释，从而无法达到工艺要求。不锈钢发酵罐在空消、实消结束后冷却过程中，严禁发酵罐内产生负压，以免造成污染，甚至损坏设备，在各操作过程中，必须保持空气管道中的压力大于发酵罐的罐压，否则会引起发酵罐中的液体倒流进入过滤器中，堵塞过滤器滤芯或使过滤器失效。
不锈钢发酵罐自动或人工控制按钮用以决定本控制器是处在自动控制或人工控制状态，电极连接导线：连接导线，分别与pH、和温度电极连接安装好电极，灭菌前检查各接口，各管线外观是否正常，出蒸汽管是否牢固。各阀门应由两人检查是否处于完全关闭状态。不锈钢发酵罐灭菌时至少要求两人在场，一人负责操作各种阀门，另一人负责观察报告各项参数，确认各阀门处于关闭状态后，打开蒸汽发生器进水阀，启动蒸气发生器，蒸气发生器开始自动进水，此时应打开蒸气发生器下部的排水阀，尽量放去水锈后关闭排水阀。
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